大多數三甲醫院均設有兒科，在北京設有兒科的公立醫院中，首都醫科大學附屬北京兒童醫院是相對權威的兒童對癥綜合醫院。
首都醫科大學附屬北京兒童醫院是集醫療、科研、教學、保健于一體的三級甲等綜合性兒科醫院，前身是我國現代兒科醫學奠基人諸福棠院士于1942年創辦的北平私立兒童醫院。醫院總占地面積7萬平方米，建筑面積12萬平方米，編制病床970張，年門診量300余萬人次，住院病人7萬余人次，手術逾2.3萬例。2017年，國家衛生計生委批準北京兒童醫院成為國家兒童醫學中心(北京)。
北京兒童醫院設備先進、設施完善、技術力量雄厚，科室齊全，設有呼吸科、泌尿外科、重癥醫學科、血液腫瘤中心等44個臨床和醫技科室。醫院擁有國家呼吸系統疾病臨床醫學研究中心;兒科重癥、小兒呼吸、中西醫結合兒科、小兒外科和臨床護理等5個國家臨床重點專科建設項目;兒童血液病與腫瘤分子分型、兒童耳鼻咽喉頭頸外科疾病、兒童呼吸道感染性疾病、兒童慢性腎臟病與血液凈化、出生缺陷遺傳學研究等5個北京市重點實驗室;北京市兒童外科矯形器具工程技術研究中心;小兒先天性心臟病治療中心、小兒實體瘤治療中心、兒童睡眠疾病中心等16個市級醫療中心。在小兒復雜先心病的手術治療、各類脊柱畸形的矯正、小兒泌尿畸形矯正、腹胸腔鏡治療、急腹癥及創傷治療以及神經、呼吸、內分泌、腎病、血液透析、耳鼻喉、纖維支氣管鏡、影像技術等專業疾病的診斷治療及診療設備居國內領先地位，并率先在國內將兒科就診年齡擴大到18歲。
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