在上海設有兒科的公立三級醫院中，復旦大學附屬兒科醫院是相對以兒科和新生兒疾病為重點學科的知名醫院。
復旦大學附屬兒科醫院創建于1952年，系國家衛計委預算管理單位、三級甲等醫院，是集醫、教、研、防為一體的綜合性兒童專科醫院，全國兒科學重點學科、國家“211工程”和“985”工程建設單位，最早被國家授予兒科學碩士、博士學位授權點、臨床醫學博士后流動站。在中國醫學科學院發布的中國醫院科技競爭力排行榜、復旦大學發布的中國醫院最佳專科聲譽排行榜和北京大學發布的中國醫院最佳臨床學科排行榜，復旦大學附屬兒科醫院兒科學均位居前列。醫院是國內首個通過第五版JCI認證的兒童專科醫院，于2016年11月通過HIMSS EMRAM 6級國際認證，于2017年1月獲批成為國家兒童醫學中心。連續八次榮膺上海市文明單位。
目前醫院開放床位800張，年門急診服務量逾225萬，出院病人突破4.2萬人次，住院手術2.8萬。醫院專業設置齊全，共設45個臨床專業醫技科室，擁有7個國家臨床重點專科，包括：新生兒、重癥醫學科、小兒消化科、中醫兒科、新生兒疾病重點實驗室、小兒外科、臨床護理。新生兒、外科、心血管、傳染病等專業曾先后被列為衛生部臨床學科重點專業。新生兒科是上海市醫學重點學科，兒科學是上海市重中之重重點學科，小兒外科是上海市小兒外科疑難重癥臨床醫學中心，呼吸急救專業是上海市醫學領先專業。
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