在上海設有五官科的公立醫院中，同濟大學附屬口腔醫院是知名度較高的科室設置齊全的公立三甲醫院。
醫院目前擁有口腔醫學一級學科博士點及口腔醫學博士后流動站，依據教育部2009年、2012年、2017年三次學科評估結果，在全國口腔醫學院校中位列10名左右。口腔修復科、口腔正畸科被評為國家臨床重點專科項目；同時，醫院還是中華口腔醫學會副會長單位，中國醫師協會口腔醫師分會副會長單位，第五屆口腔種植專業委員會主任委員單位，第四屆口腔醫療服務分會主任委員單位，上海市醫師協會口腔醫師分會會長單位；并被任命為國家住院醫師規范化培訓重點基地，和上海市專科醫師及住院醫師規范化培訓基地。
醫院是國內五家擁有國家重點研發計劃項目的口腔醫院之一，以及六家擁有國家自然基金優秀青年基金項目的口腔醫院之一，擁有集產學研于一體的高水平口腔轉化醫學實驗中心上海牙組織修復與再生工程技術研究中心；22人次參編國家規劃教材，其中副主編1人，10人次參編全國規范化培訓教材，其中主編1人、副主編1人。
醫院科室設置齊全，在口腔種植修復、疑難全口義齒修復、前牙美容修復、青少年及成人牙列不齊矯治、正畸正頜聯合治療骨性錯頜畸形、先天性唇腭裂、疑難根管治療、牙體微創美學修復、牙周病系統治療、兒童齲齒防治、兒童無痛及舒適化治療、數字化口腔診療等方面形成特色。
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